iPhone 3GS遭到使用者抱怨過熱，而跑在iPhone 3.0軟體上的軟體圖標有時會不見。

白色機殼的iPhone似乎最燙，高溫使塑膠殼變粉紅或褐色。

「我的是黑色的32GB 3GB機種，最近用GPS時發現它會發燙，你隱約會覺得熱熱的。但在3G訊號不強，轉成Edge時，那簡直燙得不得了。手機得關掉才行。」蘋果討論區一名使用者說道。

蘋果對此沒有發表評論，不過手機過燙並不是第一次，例如日本NTT DoCoMo就曾因為Research In Motion的Blackberry Bold就曾因為過熱而不得下架回收。

法國網站Nowhere Else首先報導iPhone 3GS過熱消息。

同時，iPhone OS 3.0用戶發現應用軟體的圖標有時會不見或連結到錯誤的程式。之前iPhone 3.0 beta版也有這個問題。iPhone 3.0可用於iPhone 3GS，或之前的iPhone 3G及iPhone Touch。

使用者提供的解法包括經由iTunes重灌iPhone 3.0或重設iPhone。